Dažādu COVID-19 slimības ilgtermiņa blakusefektu saistības ar molekulārajiem faktoriem noskaidrošana Latvijas populācijā
Projekta nosaukums: „Dažādu COVID-19 slimības ilgtermiņa blakusefektu saistības ar molekulārajiem faktoriem noskaidrošana Latvijas populācijā”
Projekts tiek veikts Eiropas Reģionālā attīstības fonda (ERAF) 1.1.1.1. pasākuma “Praktiskas ievirzes pētījumi” 5. kārtas ietvaros.
Projekta identifikācijas Nr.: 1.1.1.1/21/A/029
Projekta izpildes termiņš: 2022. gada 1. janvāris – 2023. gada 30. novembris
Projekta kopējais finansējums: 500 000,00 EUR
Projekta zinātniskais vadītājs: Dr. biol. Jānis Kloviņš
Sadarbības partneris: Paula Stradiņa klīniskā universitātes slimnīca
Projekta kopsavilkums:
SARS-CoV-2 infekcija ir pandēmija, kas akūtajā fāzē apdraud pacientu dzīvību, kā arī nereti atstāj ilgtermiņa sekas uz COVID-19 pārslimojušo pacientu veselību, radot multiorgānu bojājumus. Tiek lēsts, ka apmēram 80 % COVID-19 pacientu novēro vismaz vienu ilgtermiņa komplikāciju, bet trūkst detalizētas izpratnes par to, kā infekcija un tai sekojošais atveseļošanās process ietekmē šos blakusefektus. Projekta mērķis ir noskaidrot faktorus, kuri ļauj paredzēt un ietekmē COVID-19 ilgtermiņa blakusefektu attīstību, apvienojot uz -omiku balstītus datus un klīnisko informāciju dažādās COVID-19 pacientu kohortās Latvijā un ietekmi uz dažādām blakus slimībām, kas rada multiorgānu bojājumus un dažādus slimības iznākumus. Mēs pētīsim dažādus uz -omiku balstītas datu kopas, koncentrējoties uz longitudinālām izmaiņām gēnu ekspresijā, metabolomā un konkrētu šūnu tipu darbībā paraugos, kas iegūti no COVID-19 pacientiem akūtā slimības fāzē un atveseļošanās periodā. Mēs izmantosim esošo plašo COVID-19 pacientu kohortu biežākajiem simptomiem pēc izslimota COVID-19 un veiksim mērķtiecīgu pacientu atlasi pēc konkrētiem komplikāciju veidiem, cenšoties ietvert retas, bet būtiskas komplikācijas. Mēs vēlamies uzlabot zināšanas par molekulārajiem mehānismiem, kuri izraisa ar COVID-19 saistītu iznākumu attīstību, un identificēt jaunus biomarķierus, ko varētu izmantot profilaksei un terapijas optimizēšanai.
Informācija publicēta 03.01.2022.
Projekta progress:
2022. gada 1. janvāris – 2022. gada 31. marts
Sadarbībā ar Latvijas Slimību profilakses un kontroles centra pārziņā esošo Iedzīvotāju genoma valsts reģistru tiek apkopoti klīniskie dati COVID-19 pacientiem, kas tika iesaistīti Valsts iedzīvotāju genoma datubāzē Valsts pētījumu programmas “COVID-19 seku mazināšanai” ietvaros (2020. gada jūlijs–2021. gada marts), lai iegūtu informāciju par biežākajiem ar Covid-19 saistītajiem ilgtermiņa veselības traucējumiem un organizētu atkārtotu pacientu uzrunāšanu, kā arī datu un paraugu ievākšanu. Lai izveidotu specifisku COVID-19 ilgtermiņa komplikāciju kohortas, tiek izstrādāta paraugu un datu vākšanas stratēģija, ņemot vērā specifiskās apstrādes un uzglabāšanas prasības, kas nepieciešami plānotajām molekulārajām analīzēm (piemēram, telpiskā transkriptomika, vienas šūnas RNS sekvencēšana). Tikmēr tiek izstrādāts optimālais protokols urīna paraugu pirmapstrādei priekš metabolomikas analīzes.
Informācija publicēta 31.03.2022.
2022.gada 1.aprīlis – 30.jūnijs
Turpinās darbs pie SPKC pārziņā esošo IGVR klīniskie datu apkopošanas par COVID-19 pacientiem, kas tika iesaistīti Valsts pētījumu programmas “COVID-19 seku mazināšanai” ietvaros (2020. gada jūlijs–2021. gada marts), lai iegūtu informāciju par biežākajiem ar Covid-19 saistītajiem ilgtermiņa veselības traucējumiem un organizētu atkārtotu pacientu uzrunāšanu, kā arī datu un paraugu ievākšanu. Lai izveidotu specifisku COVID-19 ilgtermiņa komplikāciju kohortas, turpinās darbs pie paraugu un datu vākšanas stratēģijas izstrādes, ņemot vērā specifiskās apstrādes un uzglabāšanas prasības, kas nepieciešami plānotajām molekulārajām analīzēm (piemēram, telpiskā transkriptomika, vienas šūnas RNS sekvencēšana).
Informācija publicēta 08.04.2022.
2022.gada 1.jūlijs – 30.septembris
Turpinās darbs pie SPKC pārziņā esošo IGVR klīniskie datu apkopošanas par COVID-19 pacientiem, kas tika iesaistīti Valsts pētījumu programmas “COVID-19 seku mazināšanai” ietvaros (2020. gada jūlijs–2021. gada marts), lai iegūtu informāciju par biežākajiem ar Covid-19 saistītajiem ilgtermiņa veselības traucējumiem un organizētu atkārtotu pacientu uzrunāšanu, kā arī datu un paraugu ievākšanu. Lai izveidotu specifisku COVID-19 ilgtermiņa komplikāciju kohortas, turpinās darbs pie paraugu un datu vākšanas stratēģijas izstrādes, ņemot vērā specifiskās apstrādes un uzglabāšanas prasības, kas nepieciešami plānotajām molekulārajām analīzēm (piemēram, telpiskā transkriptomika, vienas šūnas RNS sekvencēšana).
Informācija publicēta 09.09.2022.
2022.gada 1.oktobris – 31.decembris
Tiek apsekoti un analizēti pacientu klīniskie dati pacientiem ar pārslimotu Covid-19 infekciju un ar to iespējami saistītu plaušu, nieru un CNS radītu bojājumu. Tiek veidotas pacientu grupas, lai precīzāk izvērtētu dažādo bojājumu veidu konkrētā orgānu sistēmā un Covid-19 kā iespējamo cēloni slimības attīstībā vai kā slimības palaidējmehānismu. Ir uzsākat pirmo pacientu iesaiste pētījumā. Pacientu klīniskā materiāla iegūšanai ir koriģētas iegūšanas, uzglabāšanas un transportēšanas metodes, apstākļi. Ir pabeigta protokolu izstrāde dažādu klīnisko materiālu analīzei, ir pabeigts protokols nieru biopsijas transkriptoma izmeklēšanas tehnikai.
Informācija publicēta 12.01.2023.
2023.gada 1. janvāris – 2023. gada 31. marts
Kopumā esam iesaistījuši 602 COVID-19 pacientus (iesaistes brīdī SARS-CoV-2 pozitīvs), tostarp 191 stacionāro personu. Ir savākts plašs bioloģisko paraugu un datu kopums, un lielākajai daļai šo pacientu mēs esam pabeiguši papildus paraugu ievākšanu. Mēs esam arī izveidojuši plašu tiešsaistes aptauju 602 Covid-19 pacientiem par simptomiem, kas saistīti ar ilgstošu COVID-19. No visiem aptaujātajiem pacientiem 40 tika izdalīti kā ilgā COVID-19 slimnieki (slimības simptomi ilgāki par 12 nedēļām) un tika noteikti kā īpaši interesanti turpmākai detalizētai analīzei. Vēl viens kohortu medicīniskās informācijas avots bija Nacionālais veselības reģistrs, jo no apkopotajiem datiem mēs zinām, ka 114 kohortas dalībniekiem kādā brīdī bija U09 vai U09.9 (ICD 10 kodi stāvoklim pēc COVID-19), un reģistra dati arī nodrošina papildu informācija par viņu vispārējo veselību. Pašlaik mēs apkopojam arī viņu bioķīmiskās analīzes rezultātus un to citokīnu un kemokīnu profilus. Iepriekš minētie atlasītie 40 pacienti, kuri ir fenotipiski vislabāk raksturoti, tika uzaicināti uz novērošanas vizīti (1,5–2 gadus pēc sākotnējo paraugu ņemšanas) ar lūgumu iesniegt papildu asins paraugus (klīniskās bioķīmijas analīzei, asins transkriptomam un vienas kārtas analīzei). Šie pacienti tiek salīdzināti ar atbilstošām kontrolēm pēc vecuma, dzimuma un ĶMI, kuriem ir bijusi SARS-CoV-2 infekcija, bet kuriem nav attīstījušies ilgā COVID simptomi.
Informācija publicēta 03.04.2023.
2023. gada 1. aprīlis – 2023. gada 30. jūnijs
Ir pabeigta paraugu ievākšana un datu apkopošana ilgā COVID-19 pacientiem ar kardiovaskulāriem un plaušu simptomiem, kuriem tiks veikta vienas šūnas sekvencēšana – longitudināli paraugi ir ievākti akūtā COVID-19 slimības fāzē, 1-3 mēnešus un 1,5-2 gadus pēc infekcijas. Ir veiksmīgi nosekvencēti pirmie vienas šūnas RNS paraugi un ir uzsākta datu analīze. Turklāt, ir arī iegūti pirmie dati telpiskā transkriptoma analīzei no nieru biopsijām ilgā COVID-19 pacientiem ar nefroloģiskām komplikācijām. Paralēli tiek arī apkopoti un analizēti mikrobioma, metagenoma un bioķīmijas dati no kopējās pacientu kohortas. Šobrīd ir aktīvi uzsākta esošo datu un literatūras apkopošana publikācijām.
Informācija publicēta 30.06.2023.
2023.gada 1. jūlijs – 2023. gada 30. septembris
Ir pilnībā pabeigta paraugu ievākšana un datu apkopošana ilgā COVID-19 pacientiem ar kardiovaskulāriem un plaušu simptomiem kuriem ir pabeigta vienas šūnas sekvencēšana. Ir arī pabeigta datu analīze un šobrīd iegūtie rezultāti tiek sagatavoti publicēšanai MDPI žurnālam.
Ir arī izanalizēti COVID-19 pacientu asins plazmas metaboloma dati trīs laika punktos (akūtā fāze, pēc mēneša un 3-6 mēnešiem), COVID-19 pacientu metaboloma dati salīdzināti ar populācijas kontrolēm un veiktas metabolītu korelācijas ar klīniskajām analīzēm, un šobrīd notiek darbs pie manuskripta. Turklāt ir veikta 76 COVID-19 pacientu asins transkriptoma sekvencēšana vairākos laika punktos, urīna metaboloma analīze un ar nieru bojājumiem asociētu, potenciāli nozīmīgu proteīnu mērījumi urīnā. Šo datu rezultāti arī tiek sagatavoti publicēšanai.
Informācija publicēta 02.10.2023.
2023.gada 1. oktobris – 2023. gada 30. novembris
Sagatavots un iesniegts publicēšanai manuskripts par zarnu mikrobioma daudzveidību un taksonomisko sastāvu COVID-19 pacientos, aprakstot zarnu mikrobioma saistību ar antibiotiku lietošanu un atšķirībām dažādās slimības smaguma pakāpes apakšgrupās, un atveseļojušos pacientos un pacientos ar ilgtsošam komplikācijām. Sagatavots un iesniegts publicēšanai manuskripts par izmaiņām asins metabolītu profilos smagu COVID-19 pacientu atveseļošanās laikā, aprakstot arī atšķirības starp pacientiem ar ilgstošām komplikācijām un pacientiem, kas atveseļojušies. Pabeigta COVID-19 asins transkriptoma sekvencēšana (245 paraugi kopā) un bioinformātiskā analīze, veikta prelimināra statistiskā analīze. Pabeigta COVID-19 pacientu urīna metabolītu profila instrumentālā analīze, metabolītu kavntificēšana (63 pacientiem) un prelimināra statistiskā analīze. Notiek darbs pie gala atskaites sagatavošanas.
Informācija publicēta 30.11.2023.
